日本に植生するマングローブ林は約600ヘクタールと言われています。その25%、約160ヘクタールが仲間川流域に生育しています。
流域一帯のマングローブ林は「仲間川天然保護区域」として国の天然記念物に指定されている貴重な場所です。
仲間川では遊覧船でこの貴重なマングローブ林を間近に観察できる「仲間川マングローブクルーズ」のほか「ジャングルトレッキング」や「干潟観察」、「仲間川カヌーツアー」などのエコツアーが人気です。